یکی از اختلافات دولت و منتقدانش بهویژه در مجلس این است که روحانی و تیم او بارها تاکید کردهاند اجازه نخواهند داد از بیرون دولت نظری برای انتصابها به آنها تحمیل شود. این اصرار دولت را باید رمز بسیاری از سنگاندازیها در مسیر فعالیتشان دانست. نمود بیشتر این موضوع در انتصاب فرمانداران و استانداران بود که وزیر کشور آنچه از سوی نمایندگان شهرهای مختلف در مجلس و خارج از مجلس برای افراد مورد نظرشان گفته میشد را در حد یک توصیه برای بررسی ارزیابی کرده و درنهایت رحمانیفضلی و تیمش اقدام به انتصاب فرمانداران و استانداران کردند. البته انتصابها بخش کوچکی از فشار یا بهتر است عنوان شود بخش کوچکی از دخالتهاست. شنیده میشود که برخی حتی این صلاحیت را برای خود قائل هستند که در انتخاب وزرا هم دخالت کرد و افرادی را به رئیس جمهور معرفی کنند که در راستای اهداف آنها حرکت کنند نه آنچه در برنامههای دولت تعیین شده است. از بدیهیترین اختیارات رئیسجمهور معرفی کابینه است و اگر در دولت قبل بهویژه در ابتدای دولت نهم احمدینژاد به دلیل تجربه کم وی، برخی افراد در انتخاب اعضای کابینهاش اعمال نظر کردند اما روحانی سرشار و غنی از تجربه هیچگاه به این مسیر نرفت و منافع عمومی را بر خوشایند احزاب و گروهها ترجیح داد. درمورد وزیر علوم هم چنین روندی طی شد یعنی گزینه ابتدایی روحانی برای این وزارتخانه که میلیمنفرد بود با عدم رای صلاحیت نمایندگان مواجه شد چراکه اصولگرایان به این موضوع آگاه بودند که دانشگاه مبدا همه تحولات است و از دست دادن یک پایگاه تاثیرگذار به منزله آغاز رخوت آنها خواهد بود بنابراین بسیار کوشیدند تا گزینهای معرفی شود که بتوانند او را مجبور به اجابت خواستههای خود کنند که معرفی فرجیدانا آخرین تیر به امیدهای واهی اصولگرایان بود بنابراین از هر ترفندی برای سنگ اندازی در مسیر فعالیت این وزارتخانه بهره بردند که درنهایت سرسختی فرجیدانا آنها را وادار به استیضاح این وزیر و برکناری او کرد. نمونه فشارها به فرجیدانا را میتوان در اظهارات وزیر علوم دولت احمدینژاد که اکنون بر کرسی نمایندگی مجلس تکیه زده است مشاهده کرد. محمدمهدی زاهدی با انتقاد از انتصابات روسای دانشگاهها و همچنین حوزه ستادی وزارت علوم که درحال انجام است، تصریح کرد: باید برای کاهش نگرانی جامعه فرهیخته کشور تجدیدنظری در این نوع انتصابات صورت بگیرد. وی با یادآوری انتصابات اخیر صورت گرفته در بدنه دانشگاهها بهویژه تعیین سرپرست برای دانشگاه تهران از سوی وزیر علوم افزود: چنین تغییراتی موجبات نگرانی جامعه فرهیخته کشور را فراهم کرده است. نماینده کرمان با بیان اینکه باید تجدیدنظر اساسی در رویه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در خصوص انتصابات صورت گیرد، تاکید کرد: رویه کنونی این وزارتخانه باعث نگرانیهای عدیدهای در مجلس و در بین بسیاری از نمایندگان شده است. این نماینده مجلس ادامه داد: اقدامات وزارت علوم درخصوص انتصابات در دستگاههای تابعه در مباحث حوزه ستادی و روسای دانشگاهها قابل تامل است. از یک روز پس از عزل فرجیدانا خونی تازه در رگهای اصولگرایان جریان یافت و شانسی دوباره برای خود متصور شدند اما رئیسجمهور بر وعده خود با مردم پایبند بود و اسیر این حاشیهسازیها نشد چنانکه محمدعلی نجفی را بهعنوان سرپرست وزارت علوم انتخاب کرد و او هم تصریح کرد که راه فرجیدانا را ادامه میدهد.